事件的另一疑點是MH17是否曾經改變航道。據航班追蹤網站Flightaware的資料,出事的MH17航班比之前十次飛行的同班機採取的路線偏北。此外,英國《每日郵報》引述皇家聯合軍種研究院(Royal United Services Institute)的研究員蘇佳金(Igor Sutyagin)指出,MH17的機師曾表示因「感到不安」,而希望改變航道。《每日郵報》亦揣測機師或為節省燃油而決定改變航道。歐洲機師協會主席福爾巴赫估計航班或為避驟雨而更改航道。然而,馬航否認以上兩項說法。此外,MH17航班原本被要求在烏克蘭上空三萬五千呎航行,而當地空管人員因航空交通情況而指示MH17在較低的三萬三千呎航行。烏克蘭政府規定,所有飛機應在三萬二千呎以上航行。因此,MH17並沒有違反當地的航空指示。