他迄今发表SCI论文125篇,其中34篇以通讯作者发表于《自然》、《科学》、《细胞》,被SCI引用14000余次。其团队取得的科研成果于2010、2011年连续两次入选“中国高校十大科技进展”,2012年被《科学》“年度十大进展”重点引用并入选“中国科学十大进展”。施一公教授于2003年获得国际蛋白协会颁发的“鄂文西格青年科学家奖”,2008年当选美国霍华德休斯医学研究院研究员(HHM I Investigator,因全职回国而婉拒),2010年获国际赛克勒生物物理学奖、香港求是科技基金会“杰出科学家奖”、谈家桢生命科学终身成就奖、2011年获华人生物学家协会颁发的吴瑞奖(终身成就奖),2013年获得英国约克大学荣誉博士学位。