可能并不存在的超级变异株Deltacron

源济

可能并不存在的超级变异株Deltacron

Original Nature Portfolio Nature Portfolio  2022-01-27 12:40

原文作者：Freda Kreier

几周前，Delta和Omicron合体成“超级变异株”的消息快速传开，但研究人员认为这种变异株并不存在，其序列可能是由污染造成的。

1月7日，病毒学家Leondios Kostrikis在当地一档电视节目中宣布，他在塞浦路斯大学的团队鉴定出了同时具有Delta和Omicron特征的新冠病毒（SARS-CoV-2）基因组。

Kostrikis和团队将其称为“Deltacron”，并于当晚在非常热门的公开数据库GISAID上传了25个序列，几天后又上传了另外27个序列。1月8日，财经媒体彭博社对此进行了报道，一时间“Deltacron”登上了全球头条。

研究人员认为“Deltacron”的序列可能是实验室操作不当导致的。来源：T. Narayan/Bloomberg/Getty

科研界迅速作出了回应。许多专家在社交媒体和报刊上表示，这52个序列不属于一种新的变异株，也不是病毒之间重组（分享遗传信息）的结果，反而可能是实验室污染所致。

1月9日，世卫组织新冠技术小组成员、美国南卡罗莱纳医科大学的Krutika Kuppalli在推特中写道，“不存在#Deltacron这种东西，#Omicron和#Delta没有组成一个新的超级变体。”

谣言疯传

几个新冠病毒序列如何快速引发了一场激烈的科学争论，这背后的故事非常复杂。虽然有些研究人员称赞这个系统快速发现了一个可能的测序错误，但也有人提醒上上周的事件或对疫情期间的谣言扩散具有警示意义。

Kostrikis认为，他的原始假说有些地方被曲解了，虽然有些媒体用“Deltacron”这个容易造成混淆的名字来表示这些序列来自于一个Delta和Omicron的重组病毒，但他本人从未表示过这些序列来自Delta和Omicron的混合体。

话虽如此，Kostrikis还是在上传序列的72小时后将它们从数据库删除了，以待进一步分析。

来自GISAID基金会华盛顿特区办事处的Cheryl Bennett说，2020年1月以来，GISAID数据库上已经上传了超过700万个新冠病毒基因组，出现测序错误是完全可以理解的。

她说：“很多研究团队都在和时间赛跑，对这些团队刚刚得出的数据匆忙下定论的做法在任何疫情中是没有帮助的。”

 序列错误？

这些“Deltacron”序列来自Kostrikis团队去年12月获得的病毒样本，收集这些样本是为了监测新冠病毒在塞浦路斯的传播情况。分析这些序列时，团队在病毒刺突蛋白（帮助病毒进入人体细胞）的基因中发现了一个类似Omicron的遗传特征。

Kostrikis在给《自然》的邮件中解释道，他最初的假说是：有些Delta病毒颗粒在这种刺突蛋白基因中独立演化出了一些常见于Omicron的突变。但经过媒体的大肆报道后，其他从事基因测序和COVID-19研究的科学家指出了另一种可能性：实验室操作失误。

任何基因组的测序都离不开引物——引物是一些经改造DNA的短片段，可以与靶标序列结合，作为测序的起点。

而Delta在这种刺突蛋白基因上有一个突变，这个突变会降低一些引物与之结合的能力，让这一部分的基因组很难被测序。Omicron没有这个突变，因此如果有Omicron病毒颗粒因为污染混入了样本中，可能会让这种被测序的刺突蛋白基因看上去很像Omicron的刺突蛋白基因，路易斯安那州立大学什里夫波特健康中心的病毒学家Jeremy Kamil说。

Kamil说，“这种污染实在太常见了。”

Kostrikis反驳称，如果“Deltacron”是污染的产物，那么测序中应该也会出现拥有类似Delta突变的Omicron序列，因为Omicron自己也有能降低引物与之结合能力的突变。他还说，认为“Deltacron”来自实验室污染的理论是社交媒体在传，他们没有看过我们完整的数据，也没有给出“Deltacron”确实不存在的坚实证据。

揭穿真相

但是，也有研究人员指出，即使这些序列不是污染的结果，Kostrikis发现的突变也不是Omicron独有的，这些突变在其他变异株中也发现了，所以叫它“Deltacron”并不合适。

实际上，GISAID上很多序列都拥有在其他变异株中存在的特征，伦敦帝国理工学院的病毒学家Thomas Peacock说，一直有人在上传这些序列，但大家基本不用去揭示什么真相，因为没有那么多国际媒体在报道。

“科学家对于说什么要格外谨慎，”一位不想卷入这场争论而要求匿名的病毒学家告诉《自然》，“我们的一句话可能会让一些国家关闭国境。”

Kostrikis说，他正在了解全球知名科学家对他最近结果发表的重要看法。他说他计划将研究提交同行评审。

在此期间，Kamil等研究人员担心这类事件可能会让研究团队不愿意分享一些时效性很强的数据。“你要给科研界自我纠正的机会，”他说，“疫情时代，我们要帮助研究人员更快地分享病毒基因组数据，因为只有这样才能发现新的变异株。”

原文以Deltacron: the story of the variant that wasn’t为标题发表在2022年1月21日《自然》的新闻版块上