正因为此,有人将中国教育会描述为“表面办理教育,暗中鼓吹革命。”认为它并不是严格意义上的教育会,而是一个政治性社团:“当民元前十年壬寅,正值义和团乱后,清廷亦知兴学之不容缓,明令各省开办学堂。而国中志士,鉴于清廷辱国丧师,非先从事革命不可。但清廷禁网严密,革命二字,士人不敢出诸口,从事进行,更难着手。是年三月,上海新党蔡孑民(元培)、蒋观云(智由)、林少泉(獬)、叶浩吾(瀚)、王小徐(季同)、汪允宗(德渊)、乌目山僧宗仰等集议发起中国教育会,表面办理教育,暗中鼓吹革命。”(蒋维乔:《中国教育会之回忆》)
冯自由也说因为当时“译本教科书多不适用,非从新编订完善,不足以改良教育。因联络海上有志之士,发起中国教育会为策动机关。倡议诸子,均属热心民族主义之宿,故此会不啻隐然为东南各省革命之集团”。
事实上,中国教育会内部有激烈、温和两派,“激烈派主张以学校为革命秘密机关,蔡孑民主之;温和派则以名实应求相副,不如纯粹办教育,培养国民,叶浩吾等主之”,在其几起几伏的存续期内,成员多则百余人,少则十数。会中的激进分子成了爱国运动和革命运动的中坚。创办爱国学社、爱国女学和改造《苏报》是中国教育会最为显著的三项活动,都带有革命性。那个时候蔡元培抱定的是要革命、要推翻清政府,要培养革命人才的宗旨做事。
1902年,时任驻日公使蔡钧禁止各省私费留日学生学习陆军,吴敬恒(稚晖)、孙揆等因率众到使馆请愿被押解回国。8月13日,蔡元培任会长的中国教育会在上海张园开会,欢迎被日政府驱逐回国的吴、孙,并由他们在会上报告东京留学风潮经过。22日,继续开会时提出“此后留学生由中国教育会报送,不归公使主办”,自设学堂,不必赴日留学。
11月14日,上海南洋公学学生因受校方压制发生“墨水瓶事件”而集体退学,16日学生请求担任该校经济特科班主任兼中国教育学会事务长的蔡元培协助,21日中国教育会开特别会议,决定建立共和学校,由蔡元培任学校总理,吴敬恒为学监,黄炎培、蒋智由、蒋维乔等为义务教员,后定名为爱国学社。爱国学社又办爱国女学校,常熟支部办有塔后小学,吴江支部创办同里自治学社,吴县创办吴中公学社,杭州创办杭州公学社,还拟设绍兴教育会,规模悉仿爱国学社。会员还为《苏报》撰文,宣传“振兴学务”“救国保种”。1903年,由于《苏报》介绍爱国学社社员邹容所著的《革命军》,导致报社被封,爱国学社被禁止活动。
1903年,蔡元培为抗拒俄国政府觊觎中国北方领土,与上海反清革命志士以对俄同志会的名义办了《俄事警闻》(后改名为《警钟日报》);1904年,他在上海组织建立了真正的革命团体光复会;1905年,同盟会成立,光复会并入,孙中山委任蔡元培为同盟会上海分会负责人,成为职业革命者。
1904年6月,中国教育会第三次修订章程,增设军事教育部,“凡体育、武备学校等隶之”。中国教育会同里支部则组织军事讲习会,蔡元培本人也抽空参加训练。
1906年秋,由于温和派与激烈派分歧日增,未能得到合理的调整,温和派试图建立纯粹教育教学机构而此愿未能实现;激烈派则将重心转向光复会和同盟会的革命活动上,教育会已无形解散,于1907年停止活动。蔡元培等人组建光复会,坚定而公开地走向革命。中国教育会对华兴会、光复会这两个政治社团的建立发生影响,与兴中会保持密切联系,与其他多个团体有复杂的关系,对当时社会的政治风潮也起到一定作用。
在革命被严禁、兴办教育最为风行又比较安全的特定时期,以办教育的名义去从事革命活动,成为一些人无奈的选择。或许正是看到这一点,为了防止类似蔡元培等人组织的中国教育会以教育名义从事革命活动的情况重演,清政府在1906年颁布的《奏定各省教育会章程》中明文规定各级教育会“不得干涉教育范围以外之事(如关于政治之演说等)”,否则立时解散。